В давно полюбившемся зрителю мультфильме «Том и Джерри: Полет на Марс» бесконечные сумасшедшие гонки кота и мышонка приводят Тома и Джерри на другую планету, местные жители которой заняты тестами и экспериментами над особыми продуктами питания, превращающимися в съедобное только после долгого предварительного вымачивания в воде.

При этом совершенно случайно главные герои мультфильма узнают, что Базз Блистер и Бифф Биззард отправляются на Марс. По неосторожности, Том и Джерри разбивают посуду, и космическая еда взрывается. Парочку начинают преследовать, и бега приводят Тома и Джерри на красную планету – Марс, на которой они обнаруживают огромный черный монолит, подобный стене из сериала «Космическая Одиссея». Спустя некоторое время Том и Джерри встречают зеленую марсианку по имени Пип с собакой Убу, а также двух других инопланетных жителей. Джерри по ошибке принимают за местного жителя по прозвищу Великий Глуп.

После долгого выяснения обстоятельств и заключения, что мышонок вовсе не житель Марса, Том и Джерри уходят от своих новых знакомых и крадут летающее блюдце, на котором планируют возвратиться на родную планету и предупредить землян о возможной атаке марсиан. И им практически это удается, однако, один из главных жителей Марса все-таки долетает до земли и начинает похищать ее жителей с помощью простого пылесоса. Но Том и Джерри не лыком шиты, и они с участием Пип останавливают марсианина при помощи простой кости, которую друзья втыкают в аппарат инопланетянина. За проявленный героизм и успех операции Тома и Джерри награждает сам Арнольд Шварценеггер, который в мультфильме представлен в качестве президента Соединенных Штатов Америки.

В качестве награды друзья получают хаммер, который они даже не успели завести в виду новой атаки злоумышленника с Марса. Но на этот раз на помощь Тому и Джерри приходит Спайк, который все еще сгорает от гнева после того, как узнал, что его кость находится в агрегате марсианина. Пришелец в ужасе бежит с планеты, а неугомонный Спайк продолжает свои преследования Тома и Джерри. Но парочке удается убежать и от разгневанного пса. В это время Пип собирается улетать на родную планету и на прощание целует Джерри, который в лучших традициях данного мультфильма в очередной раз влюблен и краснеет от проявления чувств. В финальных сценах мультфильма «Том и Джерри: Полет на Марс» Том продолжает спасаться от Спайка, а Бифф и Базз рьяно утверждают, что на Марсе нет жизни