В мультфильме «Скуби Ду и Привидение колдуньи» герои знакомятся с очень известным писателем романов ужасов, Беном Рэйвенкрофтом. Бен приглашает посетить его родной город, где как раз должен состояться осенний праздник урожая. Друзья соглашаются, надеясь просто отдохнуть от тайн и привидений. Скуби и Шэгии настроены особо оптимистично, так как хотят отлично провести время и хорошенько полакомиться. Когда компания приезжает в городок, они удивляются присутствию на улицах множества туристов, ведь Бен рассказывал, что этот городок всегда был тихим и спокойным.

Друзья узнают, что в Оукхевине многие видели призрак одного из предков Бена, Сары Рэйвенкрофт. Именно это и стало причиной такого интереса туристов к маленькому городку. Мер города рассказывает друзьям, что призрак Сары появляется на месте возведения Пуританского поселения. Друзья отправляются туда. По прибытию мэр рассказывает о том, что призрак стал появляться именно после начала строительства. Мэр рассказывает историю, что Сара Рэйвенкрофт была признана ведьмой и казнена в 17 веке. Бен говорит, что ее казнили незаслуженно, что она была знахаркой и лечила людей травами. Она помогала бедным людям, у которых не было денег обратиться к лекарю. Бен Рэйвенкроф хочет доказать, что Сара не была колдуньей, а просто помогала людям, но он не знает с чего начать. Ему нужен дневник Сары, а он понятия не имеет где его искать.

Друзья решают прийти ночью в Пуританское поселение, в надежде увидеть там призрака. Но, так и не дождавшись появления духа Сары, компания уходит. По пути домой они видят в лесу странное сияние, и отправляются посмотреть что это. Но на месте они разочаровуються. Это всего лишь репетиция рок группы «Ведьмы» которые должны выступать на фестивале урожая. Фред и Дафна случайно подслушивают разговор участниц группы. В разговоре речь идет о каком-то обряде. Дафна и Фред решают проследить за Торн, самой странной из них. Они видят, как девушка заходит в дом. В доме на столе горят свечи, и на столе лежат непонятные инструменты. Они видят, как Торн колдует.

Тем временем Скуби и Шэгии следят за мэром, который явно затевает что-то нехорошее. Следя за мэром, они встречают призрак Сары. Они убегают. Скуби и его друзьям предстоит распутать этот клубок. Установить связь группы «Ведьмы» с появлением в городе призрака Сары. И какую роль во всей этой истории играет мэр Оукхевина. Друзьям придется разоблачить Бен Рэйвенкрофта, который как окажется, искал книгу Сары далеко не для благих намерений. Но не все так просто. Скуби и компанию ждут нелегкие испытания. И лишь собрав силы воедино, друзья в очередной раз одержат победу.