В мультфильме «Скуби-Ду и кибер погоня» друзьям предстоит стать участниками видеоигры, основанной на их же собственных приключениях. Начинается все с того, что друзья едут в гости к Эрику, их однокласснику, который недавно получил гранд на свой компьютерный проект. Они хотят навестить и поздравить друга. Ерик разрабатывает игру, в которой Скуби и его друзья являются главными героями. Скуби и Шэгги мечтают побыстрей приехать к Ерику, чтобы наконец-то поиграть в эту игру.

Когда друзья прибывают в лабораторию Ерика, он демонстрирует им лазер гиперэнергии, который используется для перемещения вещей из реального мира в киберпространство. Ерик рассказывает, что по ошибке лазер перенес компьютерный вирус с виртуального мира в реальный. Теперь вирус имеет форму монстра и угрожает человечеству, так как может подчинять себе всю технику. Вирус возник с игры Ерика, но Ерик клянется, что он его не создавал. В этом уверен и учитель Ерика, профессор Каутман. Ерик просит друзей попытаться заманить вирус в его лабораторию, откуда он с помощью лазера может отправить вирус обратно в киберпространство. Профессор Коутман выдает друзьям магниты, с помощью которых они могут обезвредить вирус и друзья отправляются на поиски.

Тем временем, Коутман и Ерик вынуждены на некоторое время оставить лабораторию. Гипер лазер остается без присмотра. При попытке заманить вирус к лазеру, все друзья оказываются в лаборатории. И в этот момент кто-то запускает гипер лазер. И он переносит всех друзей в киберпространство. Коутман, Ерик, и помощник Ерика, Билл возвращаются в лабораторию. Они видят, что сработал лазер. Билл включает компьютер и видит, что Скуби и его друзей перенесло в киберпространство. К сожалению, вернуть обратно в реальный мир их нельзя. Чтобы это сделать, им придется пройти все уровни видеоигры Ерика. Скуби вместе с друзьями оказываются на луне. Именно так выгладит первый уровень видеоигры Ерика. На луне они замечают вирус, который видимо также вместе с ними переместился в киберпространство.

Скуби и его друзьям предстоит пройти все десять сложнейших уровней видеоигры. В ходе кибер путешествия они посетят гладиаторскую арену, на которой им придется сразиться со львами. Также они перенесутся в эпоху динозавров, им придется пережить извержение вулкана. В ходе путешествия им все время придется бороться с кознями вируса и проявлять мужество и смекалку. Лишь пройдя все уровни, друзья опять смогут вернуться в реальный мир.