Анимационный фильм "Шепот сердца" рассказывает историю о жизни обычной японской школьницы. Девочка по имени Цукисима Сидзуко сильно увлекается чтением, но родители не поощряют ее в этом, так как им нужно, чтобы она больше могла сосредоточиться на учебе и выпускных экзаменах. Поэтому девочка стала завсегдатаем школьной библиотеки, где берет понравившиеся ей книги. Отец Сидзуко - сам работник библиотеки, что очень удобно для девочки. Старшая сестра постоянно требует от девочки послушания, и дает советы. Близкая подружка Сидзуко, которую зовут Юкко, еще не определилась с выбором колледжа, ей по душе больше обсуждение сердечных дел. Она влюблена в одноклассника, и постоянно просит у Сидзуко советов по этому поводу.

Самым лучшим наставником и другом главной героини мультфильма, является любимый дедушка, который лучше всех понимает девочку. Однажды, придя в очередной раз в библиотеку, Сидзуко замечает очень интересную вещь. Дело в том, что какую бы книгу она не взяла, в библиотечной карточке обязательно отмечено, что незадолго до нее эту книгу брал неизвестный ей человек по имени Амасава Сэйдзи. Девочка принимает решение найти этого загадочного человека, и узнать почему у них такие одинаковые увлечения. Однажды она натолкнулась на довольно странную кошку, во время поездки на метро. Сидзуко решила проследить за ней, и, идя по следам кошки, наткнулась на довольно странный магазинчик, который называется "Магазин Любопытства". Хозяином магазина оказался вполне доброжелательный старик. Девочка решила посмотреть, имеющиеся в магазине книги, и заметила, что в каждой книге, которую она открывала, имеется подпись Амасава Сэйдзи. Девочка даже не могла подумать, что личность этого юноши - это начало ее предстоящей судьбы. И она не представляла так же в тот момент, каким удивительным образом у нее сложатся отношения с этим таинственным незнакомцем, который станет ее первой любовью.

После знакомства с этим удивительным пареньком, Сидзуку узнает о себе, и о своих целях в жизни очень много интересного. Вначале он показался ей очень грубым и неприятным парнем, но со временем, он становился для нее все ближе и милее, и каждая секунда, проведенная рядом с ним становится для нее, самой дорогой в жизни. Главной темой, затрагиваемой в фильме "Шепот сердца", является самый красивый и удивительный период первой любви и взросления, являющийся переходным во всех его проявлениях.