Сюжет фильма переносит нас в недалёкое будущее (2029 год), когда все страны на Земле охвачены компьютерными сетями. Информационная технология развилась до того, что появилась возможность создавать высокотехнологических киборгов с абсолютным внедрением в «Сеть». И, как всегда бывает, этой возможностью решают воспользоваться различные аферисты и преступники, которые хотят воплотить свои коварные замыслы, воспользовавшись этими технологиями.

     Хакер, по кличке «Кукольник», умело манипулирует людьми при помощи «Сети». Он заставляет их работать в своих интересах, при этом они даже не подозревают этого. Стирая их память и создавая для них жизненную иллюзию, он пользуется ими и, тем самым, наводит полицию на ложный след. Этот «Кукольник» очень опасный и разумный хакер, который использует вирус, разработанный Шестым отделом для промышленного шпионажа. О нём ничего неизвестно, даже его пол. Предположительно он из Америки и находится в международном поиске. За ним числится множество преступлений от нелегального сбыта акций и сбора информации до политических махинаций и террористических актов. Особый Девятый отдел госбезопасности должен найти и обезвредить «Кукольника». Тела всех сотрудников особого Девятого отдела госбезопасности полностью кибернизированны, за исключением их мозга. Для поимки «Кукольника», Девятый отдел, занимающийся правительственными спецоперациями, направляет майора Девятого отдела-Кусанаги Мотого. Майор Кусанаги с водителем Тогусу приступают к нелёгким поискам опаснейшего хакера, но не всё так просто. Они преследуют мусоровозку, в которой якобы находятся, преступники, использовавшие вирус для взлома, но там оказываются простые люди, которых использует «Кукольник» в своих целях. Эти люди понятия не имеют во что они ввязались и чем это для них грозит.

     В другой раз они поймали мелкого бандита Корги, торгующего товарами сомнительного происхождения, но и он был марионеткой в руках «Кукольника». Сам «Кукольник» перемещаясь из тела в кибероболочку, попадает к руководителям операции по его поимки и ведёт с ними философскую беседу, и объявляет им, что он мыслящее существо «проект 2501» рождённое в океане информации. Так, что здесь не всё так просто. Орудует не простой хакер, который решился поразвлекаться или кого-то обмануть, а здесь замешана большая политика и совсем не просто будет майору поймать преступника….